根据南京市地铁指挥部的五年规划，“十一五”期间，南京将建成地铁二号线一期工程、地铁一号线南延工程和地铁二号线东延工程，建成轨道交通线路总长51.925公里，同时在建地铁二号线西延工程。
据介绍，二号线一期工程起于绕城公路油坊桥以南汪家村附近的汪家村站，沿途经由经四路、水西门大街、莫愁湖公园、汉中门广场、新街口、明故宫、中山门、孝陵卫最后至马群。全长超过25公里，预计工程投资总额为105.4亿元，这一工程目前已经开工建设，预计于2009年开通试运营。
一号线南延线起于一号线安德门站，途经宁丹路、南京南站、竹山路，最后至江宁大学城，全长约18公里，工程总投资69.3亿元，预计今年底开工，2010年开通试运行。二号线东延线将从马群车辆段开始，经仙鹤门至仙林大学城，全长超过9公里，工程总投资22.26亿元，预计明年底开工，2010年开通试运营。
“十一五”期间南京还将开工建设地铁二号线西延线，即从集庆门大街站开始至浦口城西路站，全长14.82公里，预计工程投资总额57亿元，预计工程将于2008年开工，2012年开通试运营。
据悉，随着地铁线路的相继开通，五年内南京市将力争地铁建设开发储备用地超过一万亩，开工建设地铁房地产开发项目60万平方米，届时地铁资源经营收益将超过5亿元，地铁运营将实现收支平衡，达到零亏损。
