原计划在2006年内全线开工建设京沪高速铁路并没有如愿以偿开工。据称最主要原因是铁路总造价的估算，已经从去年初的人民币一千三百亿元窜升至两千亿元，有可能最终将交由中国全国人大会议决定是否建造。
据《中国经济网》报道，铁道部长刘志军在电视电话会议中部署了2007年各项主要工作中却没有提到京沪高铁，在总结2006年的主要工作时也没有提及去年国务院批准立项一事。 按照中国国家大型项目建设程序，京沪高速铁路要开工建设，必须经过国务院的正式批准。但直到去年底，中国国务院还未批准。
国务院已于2006年3月批准了京沪高速铁路建设建议书，获得立项，开始进入可行性研究阶段。由于在此之前，已经经历了长达十几年的研究和准备，初步设计也都有了，一些大桥已经开始动工了，所以这个过程很容易，铁道部方面曾信誓旦旦“争取在2006年全线开工建设”。
据报道，可行性研究报告已经递交到了国务院，但国务院并没有在年内批准，京沪高速铁路没有获得预期进度。有关方面不肯解释其中原因，但知情人士透露，关于京沪高速铁路总造价的测算最近发生了变动，已经从去年初的一千三百亿元上升到两千亿元。工程造价一年内暴涨五成。
报道指出，两千亿元的投资已经达到中国国内至今规模最大的长江三峡枢纽的规模。建设三峡，是经过全国人民代表大会投票表决通过的，京沪高铁有可能也要这样。
铁道部总工程师何华武说，京沪高铁每公里投资只需要一亿元，仅是韩国的三分之一。但据了解，2004年韩国建成通车的高速铁路全长四百一十二公里，总投资一百六十亿美元，折合人民币每公里约三亿多元。德国、法国、意大利、西班牙，甚至台湾的高速铁路造价折合人民币每公里普遍都在三至五亿元。中国十一条时速两百公里的客运专线在2006年时造价就已经在平均每公里一亿元以上。
报道强调，京沪高铁设计时速三百公里以上，造价是否真的能远远低于国际水平？本来业内对此就存有疑虑。如今，不出一年，关于造价的说法果然变了。国务院决策的依据变了，自然要考虑财力能否承受的问题；甚至还牵涉到了是否提交全国人大定夺。
规划中的京沪高速铁路正线全长约一千三百一十八公里，设计时速三百五十公里，初期运营时速三百公里。届时从北京到上海只需要五小时，比目前京沪间特快列车缩短了九小时左右，高峰期有望实现三分钟一列。全线共设置北京、天津、济南、蚌埠、南京、无锡、苏州、上海等二十一个车站。
从提出修建方案到正式立项，京沪高铁用了十三年时间。期间，到底是采用磁悬浮还是轮轨，曾有过激烈的争论。虽然磁悬浮速度更快，但由于造价过高，世界未有长途磁悬浮运营先例，相关的控制软件技术也未成熟，最终决定采用较为成熟的轮轨技术，其成本约为磁悬浮一半。
